1800
Det er reelt først med brandtaksationerne i 1800- tallet, det bliver muligt at uddrage oplysninger, der kan give et billede at vandmøllebygningernes udseende og funktion m.v.
I den ældste brandtaksation fra 1813, bebos Grubbe Mølle af møllerenken Maren Hansdatter. Hun har overtaget fæstet efter sin mands død i 1799, og sidder i uskiftet bo. Der er tilsyneladende indgået en særlig aftale om, at hun kunne overtage fæstet fordi hendes søn, Niels Hansen var mindreårig. Han overtager fæstet i 1817 i en alder af 28 år, og samtidigt skiftes med moderen der går på aftægt.
I 1813 var Grubbe Mølle en stråtækt bindingsværksbygning. Jeg vil ikke gå i detaljer med antal fag etc. Men dog konstatere at bygningen havde 2 skorstene og at stuehusbygningen lå lidt tilbagetrukket i forhold til vandmøllen. Yderligere kan det konstateres, at der faktisk var to vandmøllebygninger. Den ene beliggende som i dag i den sydlige del af stuehuset, med 3 kværne og 2 vandhjul. På den sydlige side af vandløbet lå en ældre vandmøllebygning, med et overfaldsvandhjul og tilhørende grynkværn og grubbeværk. Tilsyneladende er mølleriet delt op i to dele, hvor der i den gamle mølle var installeret gryn- og maltmølle, og i det nyere mølleri, hvor der formales rugmel m.v. Det vil sige at vandmøllen på det tidspunkt, har været ret imponerende med hele tre vandhjul i funktion. Stemmeværket har været placeret på den modsatte side af vejen, og den lave træbro har således ført over tre lave malekarme.
Ved indfæstningen af Niels Hansen i 1817, forpligter han sig til at formale alt det korn og malt, der blev forbrugt på Hvedholm uden vederlag. Der måtte end ikke toldes af denne forpligtelse. Yderligere forpligter Niels Hansen sig til at levere mel og malt løbende over året til Horne Hospital. Mængden er her fastsat til 6 skæpper hver måned, og 19 skæpper der betales efter den årlige Capitelstakst. Herudover skal han selv vedligeholde bygninger og mølle for egen regning.
I 1824 ansøges Kong Frederik IV om, at malt – og melkværnen, med vandhjul på Grubbe Mølle kan flyttes til Stampemøllen i Svanninge. Det drejer sig her om, at den gamle vandmøllebygning mod syd tømmes for inventar, der flyttes til Stampemøllen. I Stampemøllen havde man oprindeligt arbejdet med garvning af pelsværk og møllen var en såkaldt feldberedermølle. Feldberedning er den garveriproces, hvor huder garves med pelsværk. Men i 1824 var der faldende behov for den slags skindtøj, da tøj i stigende omfang blev fremstillet af uld eller hør. Der kan være flere årsager til at stampemøllen blev forsynet med malekværne. Det ene kan være, at vandet i Svanningebækken kunne udnyttes bedre, ved først at blive brugt i Stampemøllen og derefter igen på Grubbe Mølle. En anden grund kan være, at det kan være vanskeligt at få et stampeværk til at fungere med en jævn gang. Det menes, at man ved at installere kværne, kunne opnå en mere stabil funktion af stampeværket.
I 1874 satte Brahesminde Gods Grubbe Mølle til salg. Køberen blev skibsbygger og møller Hans Illum, som kun ejede møllen frem til 1878. Her blev møllen solgt videre til Anders Peder Nielsen Ploug. Købesummen var 84.000 kr., hvoraf de 72.000 kr. var den faste ejendom, og de resterende 12.000,- kr. løsøreværdi. (Det kan indskydes, at der kan herske lidt uklarhed omkring overtagelsestidspunktet, idet købekontrakten er fra 1878 mens skødet er fra 1880.)
A. P: N. Ploug var en dygtig landmand og forretningsmand, som samtidigt drev Sundagergård ved Faaborg. Han forøgede Grubbe Mølles landbrugsareal ved at dræne engene mod Svanninge, så de kunne blive græsningsareal for det store kvæghold der kom til. Der blev oprettet et hollænderi (det vi i dag kalder et gårdmejeri), hvor mælken fra Grubbe Mølle og fire andre gårde blev behandlet. En særlig detalje, var at smørkærnen blev drevet via et drivsystem fra vandmøllen. Den dag i dag er der stadig spor af dette i vandmøllebygningen. Det blev snart klart, at vandmøllen ikke kunne klare både at levere kraft til smørkærning og kornformaling på en gang. Derfor blev der indkøbt en vindmølle, som Ploug fandt ved Nykøbing på Sjælland. Den store hollandske vindmølle, havde stået ubenyttet gennem nogen tid, da den gård den hørte til var nedbrændt. Med familiens hjælp blev møllen nedtaget, fragtet til Faaborg ad søvejen og genopført på sin nuværende plads ved Grubbe Mølle. Møllebygger Andersen fra Faaborg forestod arbejdet, og møllen blev fra starten forsynet med ensidige klapsejl og vindrose. Hele flytningen skulle efter det oplyste have kostet 10.000,- kr.